Comme tous les services en ligne, les factures électroniques et le format Factur-X sont soumis à des règlementations strictes pour garantir la protection et la confidentialité des données. La facturation et la comptabilité doivent donc respecter ces normes. Pour assurer la sécurité des opérations comptables en ligne, l’éditeur doit obtenir une certification auprès des autorités compétentes. Pour les micro-entrepreneurs comme pour les grandes entreprises, choisir un logiciel de facturation certifié est essentiel. Cette certification témoigne du sérieux du fournisseur et garantit un traitement sécurisé des factures et des mouvements comptables. Elle permet également aux entreprises d’agir en conformité avec la loi fiscale, assurant ainsi la sécurité de l’entrepreneur.

Le logiciel de facturation, un outil indispensable pour la gestion des entreprises
Qu’ils soient gratuits ou payants, les outils de facturation en ligne sont des solutions qui permettent de réaliser un traitement automatique des factures.
Utiles pour toutes les entreprises quel que soit leur secteur d’activité, y compris les auto-entrepreneurs et les TPE, les logiciels de facturation proposent plusieurs fonctionnalités qui permettent de traiter rapidement les factures et de les archiver en interne ou sur des serveurs distants si le client choisit un système SaaS (stockage des données dans les nuages).
Ces outils comptables offrent souvent la possibilité à l’utilisateur de réaliser une ou plusieurs tâches liées à la facturation :
- création et envois de devis personnalisés ;
- génération des factures avec incorporation d’un numéro unique, des montants HT et TTC, du taux de TVA et des autres mentions obligatoires imposées par la loi fiscale ;
- création et gestion des bons de livraison et des bons de commande ;
- relances automatiques aux clients qui n’ont pas respecté le délai de paiement de leurs factures ;
- possibilité de personnaliser ses documents comptables à l’image de l’entreprise selon la version de la solution et le nombre de fonctionnalités.
Les quatre piliers incontournables du logiciel de facturation certifié
Toutes les opérations comptables réalisées avec un outil de facturation en ligne comme Sage, QuickBooks, Sellsy ou Henrii ont un caractère sensible. En particulier, cela concerne les solutions intégrant un logiciel comptable doté de fonctionnalités de gestion commerciale et d’une connexion bancaire entre les comptes de l’entreprise et le logiciel.
Ainsi, un outil de facturation certifié constitue un système de programmes qui offre à l’entrepreneur souscripteur et à ses clients quatre garanties fondamentales :
- la sécurisation des données stockées ;
- la bonne conservation des documents comptables ;
- l’inaltérabilité des informations ;
- et l’archivage fiable.
Logiciel de facturation certifié et sécurisation des données
Afin de prévenir les tentatives de fraude fiscale, les factures électroniques doivent être protégées contre toute modification. Pour cela, une empreinte numérique est utilisée. Ce système de sécurité, basé sur le principe du traçage, garantit l’intégrité des documents.
Concrètement, toutes les opérations réalisées sur les documents comptables sont enregistrées. Ainsi, l’administration fiscale peut, en cas de contrôle, retrouver l’historique complet des actions. Ces traces permettent non seulement d’identifier les modifications, mais aussi de démasquer les utilisateurs ayant tenté de manipuler leurs factures.
Logiciels comptables et conservation des données
La loi française exige la conservation des factures et de toutes les pièces comptables pendant une période qui peut aller jusqu’à 10 ans en fonction du type de document. Un logiciel de facturation certifié doit être en mesure de faciliter cette conservation des données durant plusieurs années.
Pour remplir cette condition, les outils homologués doivent intégrer une fonction de clôture. Cette fonctionnalité permet de clôturer une année civile ou un exercice, et de « geler » tous les documents conservés en lieu sûr au sein du logiciel.
Lutter contre la fraude fiscale grâce à l’inaltérabilité des documents
La notion d’inaltérabilité est un autre prérequis indispensable pour combattre la fraude fiscale. Un bon logiciel de facturation en ligne certifié par un organisme officiel est capable de sauvegarder toutes les données d’origine. L’outil enregistre automatiquement toute modification du montant d’une facture, du taux de TVA ou d’une information de trésorerie.
Les logiciels de facturation certifiés facilitent l’archivage des données
Les auto-entrepreneurs et les TPE manquent souvent d’espace dans leurs locaux pour stocker leurs archives pendant plusieurs années. Les outils de facturation en ligne homologués renferment une salle d’archives virtuelle.
Le logiciel archive automatiquement tous les documents dématérialisés de l’entreprise. Il facilite leur accès aux utilisateurs et à l’administration fiscale.
L’utilisation d’un logiciel de facturation homologué est-elle obligatoire ?
La loi de finances oblige toutes les entreprises assujetties à la TVA qui utilisent un outil en ligne pour enregistrer chaque paiement et chaque mouvement de caisse à adopter un logiciel certifié. Cette loi, en vigueur depuis 2018, s’applique également aux micro-entrepreneurs, aux TPE et aux PME.
Les éditeurs de logiciels facturation et CRM démontrent la conformité légale de leurs services de deux manières :
- en sollicitant la certification auprès d’un organisme accrédité par l’État ;
- en remettant à chacun de leurs clients une attestation.
Si vous hésitez entre plusieurs logiciels de gestion des factures, pensez par conséquent à poser aux éditeurs une double question : son logiciel est-il certifié ? Si oui, d’où provient la certification ?
Logiciel de facturation non certifié : sanctions encourues
La loi française sanctionne d’une amende de 7 500 € l’usage d’un logiciel de facturation non homologué. Cette sanction peut être appliquée à la suite d’un contrôle mené par l’administration fiscale. En effet, les contrôles peuvent être effectués à tout moment, sans nécessairement informer l’entreprise au préalable.
Une fois l’infraction constatée, l’entrepreneur dispose d’un délai de 30 jours à compter de la date de réception du procès-verbal pour se mettre aux normes en présentant un certificat ou une attestation. Dans certains cas, l’entreprise peut toutefois fixer le délai de présentation du document à 60 jours.
Par ailleurs, l’utilisation d’un logiciel de caisse non certifié n’implique pas toujours un changement complet de solution. Dans bien des cas, une simple mise à jour accompagnée de l’ajout de certaines fonctionnalités suffit à rendre l’outil conforme à la législation.
Pour cela, la solution doit impérativement répondre aux quatre conditions essentielles :
- La sécurisation des données stockées ;
- La conservation des documents comptables ;
- L’inaltérabilité ;
- L’archivage.
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